El muy jodido tiene mas vueltas que una oreja cuando de theming se trata.
NOTA: todos los templates que hay que crear ponlos en tu theme. Lo ideal es dentro del directorio tu_theme/templates/field_collection o algo similar.
Primero creamos el tpl field-collection-view.tpl.php que es el wrapper que hay entre el html del field y el del field collection. Pon esto dentro:
<?php print $element['#children']; ?>
Luego field-collection-item.tpl.php que es el tpl que controla el render de cada uno de los item individuales de la colección:
<?php print render($content); ?>
Por ultimo necesitamos field-field-collection.tpl.php (ojo que mi wordpress junta los dos guiones), un tpl para el field que contiene todo lo que field collection entregue:
<ul class="coleccion de items">
<?php foreach ($items as $delta => $item): ?>
<li><?php print render($item); ?></li>
<?php endforeach; ?>
</ul>
Y listo! ya tenes control a todos los niveles del markup que va a entregar un field collection.
Chau!