Lo primero que tenes que saber es que podes tomar el control del template que imprime los filtros expuestos de un view (views-exposed-form.tpl.php) simplemente copiandolo a tu theme y poniéndole un nombre con este formato:

views-exposed-form--VIEW_NAME.tpl.php
views-exposed-form--VIEW_NAME--DISPLAY_ID.tpl.php

Ejemplos:
Tengo un view llamado listado_usuarios y dos display: una página “administracion_usuarios” y un bloque “usuarios_por_fecha”

(De mas especifico a mas genérico)

Solo para el formulario expuesto del display administracion_usuarios.

views-exposed-form--listado_usuarios--administracion_usuarios.tpl.php

Solo para el formulario expuesto del display usuarios_por_fecha.

views-exposed-form--listado_usuarios--usuarios_por_fecha.tpl.php

Para todos los display que tengan formulario expuesto en este view.

views-exposed-form--listado_usuarios.tpl.php

Cualquier view (CUALQUIERA) que tenga un display llamado administracion_usuarios.

views-exposed-form--administracion_usuarios.tpl.php

Cualquier view con cualquier display.

views-exposed-form.tpl.php

Chau!