Actualización: para ubuntu 11.10 en adelante lee este post

Si estas usando algun IDE como Eclipse, PhpStorm, Netbeans o cualquier otro que dependa de un JDK, te recomiendo que hagas uso del JDK de Java en lugar de OpenJDK dado que este último tiene bastantes problemas de performance al lado del primero.

Para hacerlo tenés que seguir los siguientes pasos:

Habilitar los repositorios de “partner”. Estos repositorios suelen venir des habilitados, y los habilitamos por medio de Synaptics yendo a “Configuración -> Repositorios” y marcamos los repositorios que digan “partner” como pueden ver en la siguiente imagen.

O bien directamente editando sources.list:

sudo nano /etc/apt/sources.list

Luego:

apt-get update
apt-get upgrade
sudo apt-get install sun-java6-jre sun-java6-plugin sun-java6-jdk

Dado que tenemos mas de un JDK, tenemos que decirle a nuestro Ubuntu cual es el preferente. Para ello tiramos el comando:

sudo update-alternatives --config java

Seleccionamos la que queremos y listo :).